Madara Uchiha naquit il y a bien longtemps... Konoha n'existait pas encore et le clan Uchiha n'était pas aussi connu qu'il ne l'est aujourd'hui.
Ainé d'une famille de deux enfants, Madara et son frère étaient tout le temps en compétition. Ils passaient le plus clair de leur temps à s'entrainer et se battaient l'un contre l'autre encore et encore, sans relâche, jours et nuits. Naturellement, ils s'éveillèrent rapidement au Sharingan et il va sans dire que leur maitrise de cette fabuleuse pupille s'éleva bientôt au rang d'Art.
L'histoire ne nous dit pas comment mais les deux frères finirent par s'éveiller au Mangekyou Sharingan. Ce fut une grande première pour le Clan Uchiha car personne n'avait atteint ce stade avant eux.
Ils prirent alors le contrôle du clan Uchiha et Madara, l'aîné, fut désigné comme Chef. Rien ne pourrait alors arrêter le clan au Sharingan !
Cependant, une étrange maladie rongea Madara, petit à petit, il perdait la vue... Une utilisation prolongée du Mangekyou Sharingan finissait altérer la vue de son possesseur jusqu'à le rendre aveugle ! Son Sharingan n'était plus que l'ombre de lui-même. Son Sharingan perdait la lumière. Paniqué et fou de rage, il commit l'irréparable et s'empara des yeux de son propre frère. De cette manipulation naquit un nouveau Sharingan à la puissance inépuisable, un Mangekyou Sharingan qui ne s'éteindrait jamais !
Plus puissant que jamais, rien ne pouvait s'opposer à lui. Au gré de ses voyages, il finit par s'allier au Clan de la Forêt et fonda avec le ninja qui allait devenir Shodaime la première organisation Politique : Konoha.
Mais un différend entre les deux hommes les sépara. Ils engagèrent alors un combat à mort sur les lieux de ce que l'on appelle aujourd'hui la Vallée de la Fin. Shodaime en sortit vainqueur et on n'entendit plus parler de Madara Uchiha...
... Pourtant il survécut... et quelques années plus tard il créa une organisation criminelle du nom d'Akatsuki qu'il dirigeait dans l'hombre.
Il y a une vingtaine d'années de cela, il contrôla Kyubi et le lâcha sur Konoha dans le but de détruire le village et sans doute de se venger de ce que lui fit subir son ancien ami Shodaime. Malheureusement pour lui, ses plans furent contrecarrés par Minato Namikaze, Yondaime du village caché de la Feuille qui stoppa Kyubi et le scella dans le corps de Naruto.
Malgré cet échec cuisant, il était loin d'en avoir fini avec le village caché de la Feuille. Il y est retourné, il y a de ça une dizaine d'années, pour rencontrer Itachi, le jeune prodige de la famille Uchiha. Après l'avoir convaincu de rejoindre l'Akatsuki, il lui dévoila le moyen d'atteindre le Mangekyou Sharingan et l'aida à se débarraser du clan Uchiha, laissant Sasuke comme unique survivant.
Aujourd'hui, l'Akatsuki semble plus actif que jamais et cherche à s'emparer de tous les Bijuus.
D'après les dires de Pein au chapitre n°329, le véritable but de l'Akatsuki sera atteint en 3 phases :
La première étape est le financement, c'est-à-dire la recherche d'argent.
La deuxième étape est l'utilisation de cet argent pour créer la première organisation de mercenaires dans le monde des shinobis. Et cela dans le but de concurrencer les grandes puissances que sont Konoha, Suna, etc. Grâce aux Bijuus, ils créeront des guerres qui généreront suffisamment d'argent pour agrandir leur armée et écraser tous les villages.
La troisième et dernière étape : Conquérir et dominer le monde ! ! !
Cependant, beaucoup de questions le concernant restent en suspend : Comment a-t-il survécu à son combat contre Shodaime ? Comment se fait-il qu'il soit encore en vie malgré son âge ?